Základní škola na Hanspaulce existovala již od roku 1930 v provizorním pavilonu, který byl po dostavbě nové budovy školy odvezen.
Současná hlavní část budovy s názvem II. chlapecká obecná škola a později dívčí obecná škola se čtrnácti třídami byla založena a otevřena 28. října 1932. K nové budově byly přistavovány záhy opět provizorní pavilony, určené k užívání do pěti let. Avšak celkem devět tříd nejmladších žáků se učilo v provizorních pavilonech s vytápěním v kamnech až do 1. září 1994.
V padesátých letech bylo k budově školy ve tvaru "L" přistavěno nové křídlo se šesti třídami - dnešní část vlevo od vchodu z ulice Na Čihadle. Z původní haly a chodby v suterénu byla postavena provizorní školní jídelna. Asi 800 m od školy, ve Fetrovské ulici č. 2, byla zařízena školní družina, která v dopoledních hodinách fungovala od roku 1991 jako škola pro tři třídy 1. stupně.
V letech 1993 - 1994 proběhla přestavba, při které byla provedena plynofikace kotelny, rekonstrukce topného systému, byla opravena některá sociální zařízení a v půdním prostoru bylo otevřeno deset nových tříd a tři kabinety. Tehdy děti mohly opustit třídy ve Fetrovské ulici a ve zcela nevyhovujících pavilonech.
V roce 1996 byly dány do provozu jídelna, družina a malá ubytovna v budově v Sušické ulici proti hlavnímu vchodu.
V roce 1997 byly pro děti upraveny další prostory. V místech bývalé jídelny a kuchyně vznikl gymnastický sál a cvičná kuchyně.
V září roku 2000 otevřela škola díky péči MČ Praha 6 na dvoře víceúčelové hřiště.
Od ledna 2001 se stala Mateřská škola Kohoutek organizační součástí školy.
V říjnu 2001 byla v bývalých prostorách kuchyně otevřena školní knihovna, sloužící dětem a učitelům pět dní v týdnu.
V následujícím roce dostali učitelé a děti do užívání počítačovou pracovnu, kde bylo postupně vytvořeno 25 pracovních míst u počítačů připojených na internet.
Obrovská změna nastala během letních měsíců roku 2005. Díky investici MČ Praha 6 se škola proměnila navenek i uvnitř. Byl opraven plot i oba vstupy do školy, budova získala novou fasádu. Na chodbách byla položena nová dlažba, šatní konstrukce uvolnily místo novým skříňkám. Všechny prostory byly vymalovány, ve třídách a v kabinetech se objevily nové podlahové krytiny. Proběhla obnova elektrorozvodů a sítí. V západní a jižní části budovy byla vyměněna okna, ve východní části a na dvoře proběhla repase oken. Nový kabát dostala i tělocvična. ZŠ Hanspaulka se stala školou na evropské úrovni.
Ve školním roce 2006/07 získala škola grant MČ "Vzorová učebna" a díky finanční podpoře vznikla multimediální učebna, stejný grant v následujícím roce umožnil rekonstrukci chemické laboratoře.
Od 1. 9. 2008 bylo v budově školy otevřeno nové oddělení MŠ Kohoutek - Barvičky. Kapacita Mateřské školy Kohoutek tak stoupla o 24 míst.
V roce 2010 začala postupně výměna střešních oken ve třetím patře hlavní budovy, ta pokračovala i v roce 2012. Největší investice byla vložena do rekonstrukce kuchyně školní jídelny. Částkou 12 milionů korun byla pokryta výměna podlahy, nové el. rozvody, obklady i menší stavební práce, ale hlavně došlo k výměně gastrotechnologií. Staré vybavení, některé které sem bylo přeneseno ze staré kuchyně v budově školy, bylo vyměněno za nové, které výrazně změnilo fyzickou práci paní kuchařek.
Ve školním roce 2013/2014 získala škola grant Evropského sociálního fondu, který umožnil nadstandardní péči o děti se speciálními vzdělávacími potřebami. Ve stejném roce podpořila MČ Praha 6 nákup tabletů a vzdělávání učitelů v práci s nimi, tím umožnila další krok v modernizaci výuky.
V posledních letech stoupá počet žáků, ve školním roce 2014/2015 navštěvuje naši školu téměř 570 žáků (pro srovnání v roce 2004 – 418 žáků). ZŠ Hanspaulka se stala fakultní školou Pedagogické fakulty UK v Praze, opět získala titul Excelentní jazyková škola Prahy 6, od společnosti Etická výchova o.p.s. ocenění Etická škola a Finančně gramotná škola.